Das Dorf Zeiningen, das - wie schon wiederholt erwähnt - in habsburgisch-österreichischer Zeit zur Herrschaft Rheinfelden und zur Landschaft Möhlinbach gehörte, teilte im Übrigen politisch die Schicksale des Fricktals. Bis 1803 wurde vom Domstift Basel von den Zeiningern der Zehnten bezogen. Nachher musste dieser dem Staat abgegeben werden. Das einstige Schloss aus dem 15. Jahrhundert, urkundlich als Landsitz österreichischer Beamten aus Rheinfelden nachweisbar, bestand angeblich im Gemäuer eines Bauernhauses weiter.

Chronist Arthur Freiermuth berichtet: „Die örtliche Überlieferung von einer ehemaligen Burg mitten im Dorfe, also mitten im Tale, umgeben von einer starken Mauer und einem Wassergraben und verschiedene Gebäude- und Familiennamen bilden eine Gruppe von Anzeichen für das Vorhandensein einer Burg. Zwei Familien – «Am Graben» und «Zeininger» - bürgerten sich in Rheinfelden ein; ein „Am Graben“ war Stadtschreiber.“

Aus der Chronik von F. Seiler von 1861 entnehmen wir zu diesem Thema folgendes: „Ob damals schon oder erst später hier ein sog. Herrschaftssitz bestanden, ist ungewiss. Es sind keinerlei Nachweise darüber vorhanden. Wenn auch solche früher vorhanden gewesen seyn mögen, sind sie bei dem grossen Brande dahier im Jahre 1740 mit allen andern Akten verbrannt. Gewiss aber ist, dass ein Herrschaftssitz dahier bestanden hat. Nach Anfang dieses Jahrhunderts war die Ruine eines alten Schlösschens – auf ebener Erde – sichtbar; zwischen der Mäusgasse und dem Thalbache. Der Ort samt dem heute noch als Schlossgarten betitelten Grundstück ist auf dem Plan speziell aufgeführt (der Plan ist leider nicht mehr auffindbar, Anm. Zeguhe). Dass der sogenannte Herrschaftssitz kein so geringer gewesen sein muss, beweist der Umstand, dass im jetzigen Dorfe auch ein Freihof sich fand, die als Freistätten für Verfolgte galten. Die Herzoge von Österreich erklärten sonst nur die Schlossräume als Freihöfe, wo sie zur Herrschaft gelangt. Ob dies hier direkte oder indirekte der Fall war, ist unausgemittelt; richtig aber ist, dass Zeiningen wie das ganze Frick- und Sissgau im Jahre 1218 an das Deutsche Reich und später speziell under Haus Österreich kam. Der Freihof befand sich in der Nähe des heute (1861) begonnenen Schulgebäudes und bildet zum Theil jetzt noch den geräumigsten Dorfplatz, fast in der Mitte des Dorfes selbst. Er wurde gebildet durch den Raum, welcher zwischen dem Pfarrgärtchen (Ringmauer) und der Hauptgasse liegt; das bisherige Schulhaus steht auf der Grenze desselben, welch letztere früher durch Linden beschattet war, unter welcher jeweils nach alter Väter Sitte die Gemeinde abgehalten wurde, was jedenfalls sehr selten geschah. Es steht fest als historische Tatsache, dass die Freihöfe nur in den Schlossräumen zu finden waren, die grössere Plätze bildeten, um darauf seine Dienstleute und die Bewaffneten besammeln und die Pferde tummeln zu können. Es ist deshalb mehr als wahrscheinlich, dass alle Räume, welche zwischen dem Schulhause und dem Thalbach in der Richtung des alten Schlosses und Thurmes liegen, in früherer Zeit ebenfalls zum Freihofe gehörten. Vielleicht einzig der Platz zur Kirche und Pfarrhaus ausgenommen, vielleicht auch nicht, da die Kirchen schon früher Freihöfe für Verfolgte waren, ehe die Ritterzeiten kamen und die Ritter wenigstens für ihresgleichen ähnliche Räume an andern Stellen herrichteten.“

Chronist Josef Urben (Quelle: Zeitschrift „Vom Jura zum Schwarzwald, 1945) berichtet: „In der Geschichte Rheinfeldens findet man in den Jahren 1470 bis 1500 einen Stadtschreiber Rudolf am Graben, der in Zeiningen Schloss und Liegenschaften besitze. Schloss und Schlossgarten lagen damals nördlich der Kirche. Schlossresten sind noch deutlich erkennbar. Jetziger Eigentümer des Hauses ist Johann Ammann, Siegfrieds. Der Schlossgarten kommt vor in den alten Flurbüchern. Eigentum haben daran Johann Ammann, Johann Tschudi und Leo Merz. Über die Zerstörung des eigentlichen Schlosses liegen keine schriftlichen Beweise vor. Das Gebäude ist sehr wahrscheinlich einem Brande zum Opfer gefallen. Bis ums Jahr 1830 war noch ein Türmchen vorhanden, in welchem die Buben Benedikt Freiermuths spielten, wie mir persönlich erzählt wurde. Das Grundstück wurde von Johann Ammann, alt Fruchthändler, erworben, der auch das Türmchen abgebrochen haben soll (mir selbst erzählt). Was vom Gebäude bis 1900 noch vorhanden war, hiess der „Knospengraben“. Er trägt heute noch (Ende des 19. Jh.) die Jahrzahl 1681; Einzelheiten darüber fehlen.“

Laut den Aufzeichnungen von Reinhold Bosch (1887-1973) über Burgen im Kanton Aargau (Staatsarchiv NL.A-0016) lässt die auf allen Karten vorhandene Benennung „Burgacker“ am Zeininger-Berg auf das frühere Vorhandensein einer Burg schliessen. Reste eines solchen Objektes konnten dort aber keine gefunden werden. Die Kommission Zeguhe vermutet, dass diese Gebietsbezeichnung auf Grundbesitz im Zusammenhang mit dem Schloss im Mitteldorf zurückzuführen ist.