Anlass für den Krieg war die Gründung des sogenannten Sonderbundes durch die konservativ regierten katholischen Kantone Luzern, Schwyz, Uri, Zug, Ob- und Nidwalden, Freiburg und Wallis. Ziel des Sonderbundes war die Abwehr der von den liberalen Ständen geduldeten Freischarenzüge gegen konservativ regierte Kantone und die Verteidigung des katholischen Glaubens gegen die liberalen, mehrheitlich reformierten Kantone. Im Konflikt äusserten sich verschiedene Vorstellungen über die politische und gesellschaftliche Ordnung der Eidgenossenschaft: Während Liberale und Radikale seit Anfang der 1830er Jahre auf die Schaffung eines zentralen Bundesstaats hinarbeiteten, lehnten die konservativen Kräfte, die besonders in den katholischen Kantonen stark waren, einen Bundesstaat mit dem Verweis auf die traditionelle Souveränität der Kantone ab. Dieser Krieg war die letzte militärische Auseinandersetzung auf Schweizer Boden. Als Ergebnis wurde durch die Bundesverfassung vom 12. September 1848 die Schweiz vom Staatenbund zum Bundesstaat geeint.

Chronist Josef Urben berichtet, dass die Soldaten aus Zeiningen nach dem Kriegsende in einer Schlussfeier ein Diplom erhielten. Alle Beteiligten wurden in der hiesigen Pfarrkirche begrüsst und erhielten dabei die Dankesurkunde.

Die katholischen Zeininger und Fricktaler mussten mit den neuen Kanton Aargau gegen die katholischen Sonderbundskantone (ihre Glaubensbrüder) kämpfen. Dies dürfte einigen doch recht schwer gefallen sein.