Auf Zeininger Gebiet wurden bemerkenswerte steinzeitliche, römische und alemannische Funde gemacht. Neben den Ausgrabungen am „Bönistein“ haben auch urgeschichtliche Funde durch den freiwilligen Bodenforscher Werner Brogli, Möhlin (gebürtig von Zeiningen) im Gebiet „Uf Wigg“ - eine aus dem Ende der Altsteinzeit, die andere aus der mittleren Bronzezeit – sowie weitere Funde den Nachweis für menschliche Siedlungen erbracht (Quelle: e-periodica.ch; «Vom Jura zum Schwarzwald», Fricktalisch-Badische Vereinigung).

In der Urzeit soll das Fricktal sehr stark von mesolithischen Horden durchzogen worden sein; dadurch ergaben sich die vielen Hochsiedlungen. Eine solche Hochsiedlung befand sich beim Bönistein auf dem Zeiningerberg. Pfarrer Burkart aus Wallbach, der sich mit der prähistorischen Forschung im Fricktal befasste, hat die Felskuppe in jahrelangen Grabarbeiten intensiv erforscht (1925 – 1929) und das geförderte „Material“ in minutiöser Kleinarbeit gesichtet. Es wurden Schaber, Messer, Nadeln, Tonscherben, Knochenreste u.a.m. in grossen Mengen zu Tage gefördert.

Die Menschen jener Epoche waren Nomaden, die sich hauptsächlich von Jagd und Fischfang ernährten. Ackerbau war ihnen gänzlich unbekannt (Quelle: Chronik AF).

Etwa 2000 v. Chr. (jüngere oder neolithische Steinzeit) entstanden bei uns die ersten Landsiedlungen. Grosse Waldgebiete wurden dafür gerodet, Ackerbau und Viehzucht wurden heimisch. Rind, Schwein, Schaf und Ziege wurden Haustiere, das Pferd aber war noch unbekannt. Angepflanzt wurden Weizen, Gerste, Hirse, Bohne, Erbse, Linse, Lein, Mohn, usw. (Quelle: InfoPost).

Aus der Zeit um 1000 v. Chr. hat man in Zeiningen Urnengräber verschiedener Art gefunden. Die Toten wurden also verbrannt. Sie erhielten Beigaben in wohlgeformtem Tongeschirr, selten Metallgegenstände.

Die Menschen der späteren Bronzezeit (bis 800 v. Chr.) haben die Geschichte von Zeiningen eröffnet, als sie ihre Feuerstelle unter dem einst stark überhängenden „Bönifelsen“ errichteten. Bei weiteren Grabungen stiess Pfarrer Burkart bei der Untersuchung der Felskuppe auf Zeugen einer späteren Zeit, die ältere Eisenzeit oder Hallstattperiode (800 – 450 v. Chr.). Zentnerweise kamen Scherben zum Vorschein, Reste grösserer und kleinerer Gefässe, meist mit schönen Verzierungen. Diese wiesen auf eine hochentwickelte Töpferei hin. Es handelte sich wahrscheinlich um eine Arbeitsgrube. Die dazugehörenden Wohngruben befanden sich vermutlich in der Nähe. Nach Annahme der Gelehrten handelte es sich bei diesen Hallstattleuten um Angehörige des wilden Stammes der Illyrier. Das Volk wurde in den Jahren 800 – 400 v. Chr. durch die Kelten ergänzt.